節能球磨機的常用配置方案主要有兩種。一種是節能球磨機中心線平行配置，另一種是中心線垂直配置。而節能球磨機可分跨配置，也可集中在同一跨間。
中心線平行配置的特點是節能球磨機中心線平行于粉礦倉，一二段磨礦機機組保持在2m左右的高度差區間，磨礦產品可以自流。那么顯而易見的是，這樣做的后果是設備集中，起重機利用率高。但節能球磨機跨度大，廠房空間利用率較低。而中心線垂直配置要求粉礦倉中心線垂直于節能球磨機中心線，主礦可自流，生產作業線短，操作平臺整齊美觀，便于操作管理，磨礦設備集中，起重機利用率高，一般見于大型選礦廠的應用中。我們一般將節能球磨機中心線垂直于粉礦倉中心線，節能球磨機集中于一個跨間，三臺磨礦機（一臺棒磨機、兩臺節能球磨機）自成一個機組。
其次，將節能球磨機的排礦輸送給分級機的給礦口，分級機的返砂又返回節能球磨機構成閉路。分級機的溢流通過砂泵揚入與另一臺節能球磨機構成閉路的旋流器，旋流器溢流為最終產物，再送入浮選機浮選。這樣做大大減少了機組的占地面積，為其日后的維護工作帶來了方便。
無論采用哪種配置方案，節能球磨機的跨間配置應盡量采用垂直同一跨間的方案。這樣做可以使節能球磨機的磨礦跨與浮選跨相適應，且可有效處理節能球磨機磨礦與分級機設備之間物料輸送的相關難題。